Koszty kwalifikowane to wydatki, które mogą być finansowane z dotacji w ramach konkretnego programu dofinansowania. Każdy nabór zawiera szczegółową listę takich kosztów i tylko pozycje z tej listy mogą być wliczane do budżetu projektu oraz stanowić podstawę do wyliczenia kwoty dotacji. Wydatki, których na liście nie ma, muszą być pokryte w całości ze środków własnych beneficjenta.
Typowe kategorie kosztów kwalifikowanych obejmują zakup maszyn i urządzeń, oprogramowanie i licencje, szkolenia pracowników, usługi doradcze, koszty adaptacji lokalu lub materiały bezpośrednio związane z realizacją projektu. Granice między tym, co kwalifikowane, a tym, co nie, bywają jednak zaskakująco precyzyjne. Na przykład zakup używanego sprzętu może być kosztem kwalifikowanym w jednym programie, a w innym całkowicie zakazanym. Podatek od towarów i usług jest kosztem kwalifikowanym tylko wtedy, gdy beneficjent nie może odliczyć go od podatku należnego, czyli przede wszystkim wtedy, gdy nie jest czynnym podatnikiem VAT.
Ważny jest też wymóg rynkowości cen. Instytucja zarządzająca może zakwestionować wydatek, jeśli cena zakupu znacząco odbiega od cen rynkowych, nawet jeśli dana kategoria wydatku jest kwalifikowana. Dlatego przy planowaniu budżetu warto zebrać co najmniej dwa porównawcze zapytania ofertowe dla droższych pozycji kosztorysu.
Zob. również: Jak czytać ogłoszenie o naborze dotacji, Dotacja z Urzędu Pracy na otwarcie firmy